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第一步，可以着重从以下几个方面提出质疑：
一、质疑鉴定人、鉴定机构是否具备相应的鉴定资质
鉴定机构方面，应当取得司法鉴定许可证，且在许可证登记的业务范围内执业，超出业务范围执业属于违法。鉴定人方面，至少要有2名具有司法鉴定资质的鉴定人员进行鉴定。鉴定完成后，应当由具有中级以上职称的鉴定人员对鉴定的鉴定程序、鉴定意见进行复核并签名。
二、质疑鉴定检材、样本提取是否违反法律规定
委托人委托鉴定的，应当向司法鉴定机构提供真实、完整、充分的鉴定材料。也就是说，鉴定机构开展鉴定所选取的鉴定检材、样本，必须经委托法院认可提供，未经法院认可的鉴定检材、样本是无效的。
三、质疑鉴定过程是否符合法律规定
司法鉴定实行鉴定人负责制，有权进行专业判断。但是，其专业判断必须建立在相关法律规定的基础上进行。鉴定必须依照“国家标准→行业标准和技术规范→该专业领域多数专家认可的技术方法。”的顺序进行。也就是说，如果该项鉴定有国家标准，就必须采用国家标准进行鉴定，使用其他标准是违法的。
四、看鉴定作出是否超出法定时效
鉴定机构受理委托的时效是在收到委托的七个工作日内必须作出是否受理的决定，作出受理决定后，必须在三十个工作日内完成鉴定。（如因疑难复杂，经批准最多可再延长30个工作日，且要告知委托人）。
五、质疑鉴定意见书要件是否齐全
司法鉴定意见书应当按照规定的文书格式制作，并包含确切的鉴定内容、详细的鉴定过程、充分的分析说明和明确的、有针对性的鉴定意见。
司法鉴定意见书应当一式四份，并包含附件。附件包括作为鉴定依据的照片、图像、图谱、表格等。 附件图、照片应当清晰，并有必要的说明。
第二步，向委托法院申请重新鉴定
如果在第一步审查中发现司法鉴定意见本身存在瑕疵、甚至违法违规情形的，那么此时我们就可以向法院申请要求重新鉴定。而且根据法律规定，重新鉴定应当委托原司法鉴定机构以外的司法鉴定机构进行；如因特殊原因，只能委托原司法鉴定机构的，也应当指定原司法鉴定人以外的其他符合条件的司法鉴定人进行。
第三步，向属地司法行政部门投诉
第三步可以和第二步同时进行，亦可先后进行。根据《司法鉴定执业活动投诉处理办法》第十条，对于鉴定机构违法违规的鉴定行为，作为案件当事人是可以向属地司法行政部门进行投诉的。一般来说，我们投诉的时候，写明我们的投诉诉求、事实与理由，并提交我们收集的相关证据材料。司法行政部门会在七个工作日内受理，并在六十个工作日内作出投诉处理决定。如对该处理决定不服，我们还可以就此提起行政复议或者行政诉讼。
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